Организация Государственного научного Центра колопроктологии берет свое начало с 1946 г., когда в хирургическом отделении больницы № 18 г. Москвы было выделено 15 коек для лечения проктологических больных. Возглавил это отделение ученик академика АМН СССР А. В. Вишневского профессор А. Н. Рыжих.
В 1965 г. была организована научно-исследовательская лаборатория (НИЛ) по проктологии, которая впоследствии переросла в ГНЦ колопроктологии.
На сегодняшний день ГНЦ колопроктологии Росздрава занимает лидирующее место по изучению и лечению заболеваний толстой кишки и анокопчиковой области, здесь разрабатываются новые методы лечения многочисленных больных, страдающих геморроем, парапроктитом, различными формами неспецифических колитов, предраковыми поражениями, раком прямой и ободочной кишки и другими заболеваниями.
В настоящее время руководство учреждением осуществляет директор — профессор Юрий Анатольевич Шелыгин.